Ackerkratzdisteln gehören zu den hartnäckigsten Unkräutern. Ein etabliertes Distelnest lässt sich nur durch eine über Jahre hinweg konsequent durchgeführte Kombination aus mechanischen und chemischen Massnahmen bekämpfen. Am effizientesten ist die chemische Bekämpfung. Selektive Mittel in Kulturen sind bewilligt, aber auch das beste Herbizid tötet etablierte Bestände nicht vollständig ab. Denn Disteln bilden ein Wurzelwerk, das mehrere Meter tief reicht. Sie treiben daher oft im selben Jahr erneut aus. Wer Disteln nachhaltig bekämpfen will, braucht einen langen Atem.
Im Ackerbau eignet sich die Bekämpfung mit einem Totalherbizid (Glyphosat) nach der Getreideernte am besten. Problemunkräuter wie Blacken, Winden oder Quecken lassen sich auf dem Stoppelfeld am einfachsten bekämpfen. Allerdings ist Geduld gefragt, denn nur gut entwickelte Pflanzen mit genügend Blattmasse nehmen ausreichend Wirkstoff auf. Ackerkratzdisteln sollten dafür mindestens 30 bis 40 cm hoch sein und die Behandlung muss bei warmem und wüchsigem Wetter stattfinden.
In Ökoflächen sind Einzelstock- oder Nesterbehandlungen mit dem Wirkstoff Glyphosat oder mit verschiedenen Wuchsstoffen möglich. Wird eine chemische Bekämpfung verpasst oder kann sie nicht durchgeführt werden, sollte die Versamung der Ackerkratzdisteln durch Abschneiden der Blütenköpfe oder durch Mähen verhindert werden.